Il clima una volta spento manualmente non deve asolutamente partire in automatico al di là della versione o dell'anno dell'auto non vi è nessun motivo legato alla logica di funzionamento del sistema perchè questo accada.
Puoi fare una prova e cioè quella di staccare la batteria per una notte, in più, (questo è un accorgimento che uso io) una volta staccato uno dei morsetti (di solito si stacca il negativo -), fai in modo che il morsetto tocchi l'altro; spero di essermi spiegato (non vuol dire assolutamente mettere in corto la batteria attenzione ma solo far toccare i due morsetti fra di loro una volta che uno sia staccato).
Se il problema persiste sostituisci il relè del clima che si trova nel vano motore.
Per quanto riguarda il messaggio che ti compare sull'infocenter mi viene da chiederti in che stato è la batteria, se accusa sintomi di vecchiaia influisce negativamente sui sensori e quindi sulle centraline dando molto spesso informazioni errate.