I cavi si possono "squagliare" (=deteriorare l'isolamento) se si commettono più errori ossia si cambia il fusibile originale con uno di calibro non appropriato e si cortocircuitano.
La centralina "motore" non ha nulla a che vedere con l'impianto luci pertanto la vedo dura dimostrare che sia dipeso dai LED.
In improbabili casi, eventuali disturbi generati dai LED potrebbero influenzare il buon funzionamento degli impianti ma non danneggiare irrimediabilmente la centralina.
Mi par di aver capito che tu l'auto, dopo il primo guasto, non l'hai mai ritirata dall'officina o sbaglio?