Se in caso di strada ben asfaltata non avverti nulla, escluderei problemi alla trasmissione.
Per iniziare dalle cose più semplici, io proverei a rifare l'equilibratura controllando bene i profili di ciascuna ruota mentre l'equilibratrice lavora, se noti irregolarità/leggere ovalizzazioni durante la rotazione potrebbe essere quel cerchio ad aver preso una botta.
Gli ammortizzatori sono OK? Un difetto ad un ammortizzatore potrebbe generare vibrazioni maggiori del normale in determinate situazioni di fondo stradale, e questo spiegherebbe il fatto che sull'asfalto buono vibrazioni non ce ne siano.
Sulla serie 3 E46 mi capitò di dover sostituire i silent block all'avantreno poichè la macchina tendeva a vibrare, in particolarte sullo sterzo, solo in determinate circostanze, appoggiando il piede sul freno....