Ti consiglio di controllare meglio.. che io sappia non esiste una ventola motore e una condizionatore ma esiste un comando che in funzione della temperatura/pressione accende una o due ventole.Sì se supera i 90* parte quella x l raffreddamento motore ma non parte mai quella della aria cdz
Credo che la cosa più logica sia mettere sotto diagnosi motore e circuito condizionatore, verificando le pressioni AP/BP puoi capire dove sta il problema.
Come correttamente suggerito da PaperiNik prima controlla il cablaggio elettrico, relè e fusibili di potenza e non.