Questo non credo tu possa proteggerlo con un fusibile. Proteggerti da questo si può fare ma ti complichi la vita.Protezione in caso il pulsante a due vie incollasse i contatti, e quindi farebbe passare continuamente corrente nelle bobine (un bistabile non è fatto per avere bobine costantemente eccitate).
Come correttamente ha detto @danardi è assolutamente indifferente che il fusibile sia sul cavo di massa o sul positivo, l'idea di un fusibile è quello di interrompere un circuito chiuso. Se sia prima o dopo il carico non cambia nulla. Certo, si poteva anche mettere sul cavo rosso, è indifferente dal punto di vista dell'interruzione del circuito.
Alla fine per fare una cosa "semplice fatta in casa" va a finire che fai un sistema peggio delle centraline antifurto