Magari proprio nuovo no visto che come hai accennato ha 1000Km. basta che scrivono chiaro che è stato sostituito il motore magari dichiarando i 1000Km. che ha alle spalle.
O una dichiarazione scritta di tutto il lavoro effettuato con citata la matricola del motore in modo che un domani nessuno porta dirti che hai una matricola diversa. (non credo ci sia bisogno di aggiornare la carta di circolazione), Alfa registra tutto su server ed a un eventuale controllo risulterà sicuramente il cambio motore e lavori annessi.
Comunque dopo la disavventura che hai avuto credo che la cosa più importante sia avere un motore efficiente che non ti crei problemi futuri.