Sì, succede. Ci sono delle chiavette che per qualche strano motivo hanno una micropartizione praticamente invisibile che serve per renderle avviabili o per avviare qualche software "omaggio".
Il comando "Formatta" del Windows a volte non le vede e comunque non le elimina. Bisogna provvedere con un software che crei, cancelli o modifichi le partizioni per essere sicuri che ce ne sia una unica e poi formattare NTFS. Oppure si cambia chiavetta.